Bei Geschäftsführern ist der Krankheitsfall häufig mit im Anstellungsvertrag geregelt. Du solltest unbedingt eine Klausel zur Lohnfortzahlung in den Geschäftsführer - Anstellungsvertrag aufnehmen. Gibt es keinen Rechtsanspruch auf Lohnfortzahlung lt. Anstellungsvertrag, wird das Finanzamt den trotzdem gezahlten Lohn als verdeckte Gewinnausschüttung besteuern.
